小儿不对称身材-矮小-性发育异常综合征常见如下并发症：下肢长短不一致，差距可导致脊柱侧弯。多发性畸形，包括多种先天的异常：如前额较正常儿童宽、宽眼距、口角下垂、皮肤血管瘤等;骨骼发育异常：以颅骨、颜面骨为明显，表现为小脸、三角脸等。并可有第5指短小弯曲、并趾等改变。少数病例伴有智力低下，肾功能异常，低血糖发作倾向，并有Wilm瘤等。
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