可并发肺水肿、胸腔积液;神经系统损害可发生中毒性脑病和脑水肿;心血管功能紊乱，出现休克，易并发心肌炎、心包炎;常可并发Reye综合征;并可致肾脏病变，表现为血尿、蛋白尿;流感肺炎并发细菌感染者较多，常见致病菌为金黄色葡萄球菌、肺炎双球菌、嗜血流感杆菌及溶血性链球菌等。其病变可为支气管肺炎、大叶性肺炎或肺脓肿。多表现为单纯性流感病毒肺炎病情好转，热退后又发热，全身中毒症状加重，体温升高，咳嗽加剧，呼吸困难，明显发绀，胸部听诊有广泛湿啰音，叩诊浊音。血象白细胞与中性粒细胞显著增高，偶见并发脑炎、DIC等疾病。
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