本病最常并发肺炎，，严重威胁患儿生命。另外可以并发脑栓塞。
1、肺炎
为本病最常见的并发症，且病情严重，病死率高。
症状：出现发热、心悸、气促、肺浸润、炎症体征和某些X线表现。
肺炎治愈后一般不留瘢痕，肺可以恢复其原来的结构和功能。
2、脑栓塞
机制：心内膜的损伤，心脏扩大，血液缓慢淤滞，易形成附壁血栓。心房颤动时不规则的血流使附壁血栓脱落，阻塞脑血管，引起局部脑组织缺血缺氧，导致脑栓塞。
症状：出现偏瘫、偏身麻木、讲话不清等突然发生的局源性神经功能缺损症状。
3、心源性休克
见于少数患儿
症状：面色灰白、烦躁、四肢湿冷及脉搏加速而微弱等。
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