(一)发病原因
医院获得性肺炎可由多种致病微生物引起，其中细菌性感染占90%以上。了解病原菌流行病学资料，对于治疗初期经验性选择抗菌药物有重要价值。国内(1987～1988)678家医院病原调查统计资料显示革兰阴性杆菌感染占57%，革兰阳性球菌占29%，厌氧菌4%，真菌7%，非确定3%。上海瑞金医院肺科呼吸机肺炎者支气管肺泡灌洗液(BALF)病原菌检出率为84.2%，革兰阴性杆菌占66.5%(其中铜绿假单胞菌占20.9%)，革兰阳性球菌占33.5%，单一菌种感染占63.3%，混合菌感染36.7%。Barlett报道的HAP的微生物学资料见表1。
1.革兰阴性杆菌 革兰阴性杆菌为最常见的病原菌(50%～70%)，主要为铜绿假单胞菌，多发生于重症监护室和接受机械通气治疗的患者，以及有免疫功能抑制或慢性阻塞性肺病等基础疾病者，先期用抗生素及糖皮质激素者。肠杆科如克雷伯白菌属，肠杆菌，变形杆菌属，枸橼酸杆菌属，沙雷菌属亦常见。其他非发酵菌，如非铜绿假单胞菌/洋葱假单胞菌，恶臭假单胞菌，不动杆菌，嗜麦芽黄单胞菌亦见于免疫抑制者发生的医院获得性肺炎。
2.金黄色葡萄球菌 为最常见的革兰阳性球菌感染(15%～30%)，尤多见于昏迷、创伤和合并伤口感染者，尤其近期流感病毒感染，糖尿病和肾衰者。近年来耐甲氧西林金葡菌(MRSA)感染报道日益增多。
3.厌氧菌 由于标本收集和培养技术方面存在的问题。厌氧菌感染的发病率报道不一，而且可能为确切反应实际发病率。常见菌包括消化球菌属，消化链球菌，梭杆菌属，拟杆菌属等。且常见于革兰阴性杆菌混合感染。
4.军团菌 可见于病室环境(空气、供水)及医疗器械污染，亦见于曾用皮质激素者，曾有地方性局部流行的报道。
5.病毒 多见于儿童患者，以呼吸道合胞病毒为多见。免疫抑制和接受移植治疗者常见巨细胞病毒，并偶见单纯疱疹病毒。
6.真菌 多见于长期、大量使用免疫抑制剂，糖皮质激素和抗生素治疗的患者，例如灼伤患者，骨髓移植或其他脏器移植者。常见致病菌为念珠菌，曲霉菌和毛霉菌，多与细菌感染混合发生。
7.结核分枝杆菌和非结核分枝杆菌 多见于HIV感染和AIDS病患者，亦见于其他免疫抑制患者，其发病率虽然<1%。但仍应重视鉴别诊断，以免在病区内发生传播。
8.其他 某些社区获得性肺炎的病原菌，如肺炎链球菌，流感嗜血杆菌，偶见于医院获得性肺炎患者。曾经胃肠道局部使用抗生素作选择性消化道脱污染(SDD)治疗者可能发生肠球菌感染。另外如卡氏肺孢子虫和弓形虫感染等亦引起重视。
医院获得性肺病原学变化值得注意，Miller等指出，自20世纪80年代以来，某些病原菌的发生率有所增高，例如铜绿假单胞菌由12%增至17%，金黄色葡萄球菌由13%增至17%，肠杆菌科由9%增至11%，凝固酶阴性金葡菌由1%增至2%，白色念珠菌由3%增至5%，而且各种细菌对常用抗生素的耐药性发生率亦迅速增高。此外亦见某些病原菌发病率有所降低，例如大肠杆菌由9%降至6%，克雷伯菌属由11%降至8%，变形杆菌属由7%降至3%。病原菌的流行病学调查对宏观调控抗菌药物的研究和防治应用策略亦具有重要参考价值。
(二)发病机制
医院获得性肺炎的发病率高，可能与两方面的因素有关，即全身和呼吸道局部免疫防御功能受损以及存在多种有利于病原体侵入肺部的环境和途径，包括吸入、血行播散等。影响医院获得性肺炎发病的危险因素包括：老年，慢性肺部疾病或其他基础疾病，恶性肿瘤，免疫受损，昏迷，吸入，近期呼吸道感染等，以及长期住院,特别久住ICU，人工气道和机械通气治疗，长期经鼻留置胃管，胸腹部手术，长期抗生素治疗，糖皮质激素、细胞毒药物和免疫抑制剂、H2受体阻滞药和制酸药应用等，这些因素相互作用。
口咽部分泌物经呼吸道吸入是医院获得性肺炎的重要发病原因，下呼吸道防御能力取决于鼻咽、气管-支气管等呼吸道局部以及全身免疫防御功能。健康人睡眠时口咽部分泌物常发生微量吸入，但分泌物中含菌数量少，主要为肺炎链球菌，流感嗜血杆菌，金葡菌和厌氧菌等，且全身和呼吸道免疫防御功能完整，因此能将进入的细菌有效清除，下呼吸道保持无菌状态。但许多住院病员口咽部定植菌大量增加，容易引起吸入，且免疫防御功能障碍。结果经常有多量细菌吸入，超过全身和局部免疫清除功能，因而发生肺炎。
细菌黏附可能是上呼吸道定植菌大量增殖的重要发生机制。老年、吸烟、营养不良、气管插管等造成支气管上皮损伤，局部IgA产生减少，巨噬细胞减少和趋化减弱等原因，中性粒细胞弹性硬蛋白酶的作用清除表面纤维连结蛋白，促进细胞的黏附和定植尤其以肠道革兰阴性杆菌(EGNB)定植更为多见。例如铜绿假单胞菌直接接触口咽部上皮细胞结合部位而黏附并定植。意识障碍以及插管(气管插管、胃管)患者，吞咽和咳嗽反射减弱更有利于口、咽部等分泌物的吸入。例如接受机械通气治疗者呼吸机肺炎的发生率更高于一般医院获得性肺炎。因为鼻插管或气管插管等呼吸通道绕过了鼻咽部防御，并因咳嗽反射和黏液纤毛清除功能减弱损害了下呼吸道防御机制。呼吸道分泌物于下呼吸道，尤其插管气囊周围污染分泌物的潴留有利于细菌繁殖。如果病室环境和呼吸治疗器械消毒不够严格，尤其是气管切开护理操作未严格无菌操作进行，更造成致病菌的植入。
胃肠道定植菌通过逆向定植，可成为口咽部定植菌的重要来源。健康人胃液呈酸性(pH1.0)，胃腔内保持无菌状态。老年人、营养不良、酗酒者，尤其应用止酸剂和H2受体拮抗剂作为预防应激性溃疡，使胃肠pH值增高，导致胃内定植菌大量繁殖，并通过胃食管反流至咽部，若患者有咽反射障碍，意识障碍以及使用胃管和气管插管者更可造成食管/胃内容物大量吸入。此外亦有认为胃肠道内细菌可通过易位而达到肺部。各种病因如炎症、休克、化疗使肠壁发生缺血性损伤，黏膜完整性受损，肠道内细菌bypass达到区域淋巴结，进入门静脉系统而到达肺部。
此外，各种呼吸道治疗设备如雾化吸入器，湿化器，气管导管和吸痰管以及呼吸机呼吸回路管道和纤维支气管镜等受污染，可导致大量细菌直接进入肺部。而长期留置静脉导管，泌尿道导管及其他导管则可通过血行播散而达到肺部。
