本病的病因需考虑以下的几个因素：
(一)牙源性颌骨囊肿源性颌骨囊肿发生于颌骨而与成牙组织和牙有关。根据其来源不同，分为以下几种：
1、根尖囊肿是由于根尖肉芽肿、慢性炎症的刺激，引起牙周膜内的上皮参残余增生。增生的上皮团中央发生变性与液化，周围组织液不断渗出，逐渐形成囊肿，故亦可称根尖周囊肿。
2、始基囊肿始基囊肿发生于成釉器发育的早期阶段，牙釉质和牙本质形成之前，在炎症或损伤刺激后，成油器的星网状层发生变性，并有液体渗出，蓄积其中而形成囊肿。
3、含牙囊肿含牙囊肿又称过滤泡囊肿，发生于牙冠或牙根形成之后，在缩余釉上皮与牙冠面之间出现液体渗出而形成含牙囊肿。可来自1个牙胚(含1个牙)，也来自多个牙者。含牙囊肿是最常见的牙源性颌骨囊肿之一，占18%，仅次于根尖囊肿。
4、牙源性角化囊肿角化囊肿系来源于原始的牙胚或牙板残余，有人认为即始基囊肿。角化囊肿有典型的病理表现，囊壁的上皮肌纤维包膜均较薄，在囊壁的纤维包膜内有时含有子囊(或称卫星囊腔)或上皮岛。囊内为白色或黄色的角化物或油脂样物。占牙源性颌骨囊肿的9.2%。
(二)非牙源性囊肿 非牙源性嫩中是由胚胎发育过程中残留的上皮发展而来，故亦称非牙源性外胚叶上皮囊肿。
1、球上颌囊肿发生于上颌侧切牙与尖牙之间，牙常被排挤而移位。X线片上显示囊肿阴影在牙根之间，而不在根尖部位。牙无龋坏变色，牙髓均有活力。
2、本腭囊肿位于切牙管内或附近(来自切牙管残余上皮)。X线片上可见到切牙管扩大的囊肿阴影。
3、正中囊肿位于切牙孔之后，腭中缝的任何部位。X线片上可见缝间有圆形囊肿阴影。亦可发生于下颌正中线处。
4、鼻唇囊肿位于上床底和鼻前庭内。可能来自鼻泪管上皮残余。囊肿在骨质的表面。X线片上骨质无破坏现象。在口腔前庭外侧可扪出囊肿的存在。
