1.Crohns病 可累及胃肠道的任何部位，内镜下见节段性全壁炎;裂隙状溃疡(刀切样纵行溃疡);非干酪坏死性结节病样肉芽肿。X线造影见肠黏膜的鹅卵石样改变。肠壁因慢性炎症而增厚，引起管腔狭窄。若发生在肛管直肠部位，伴有腹泻、腹痛、便血或便秘等，易与SRUS混淆。
2.溃疡性结肠炎 病变呈弥漫分布，肠黏膜有多发性浅溃疡，形体各异，大小不等，附有脓血性分泌物，黏膜充血、水肿;黏膜粗糙呈颗粒状，质地脆，触之易出血;可见炎性息肉。活组织学可见炎性反应，糜烂、溃疡、隐窝脓肿、腺上皮增生及杯状细胞减少等变化。主要症状为腹泻伴有黏液脓血便。
3.直肠癌 SRUS溃疡型与BorrmannⅡ型肠癌外观相似，前者直径多在3.0cm以内，边缘黏膜有弹性，光整，血管纹理清晰。后者边界不整，质脆硬，易出血，附有污垢苔。隆起型SRUS直径多在2.0cm以内，边界清，周边黏膜质地软，有弹性;直肠癌以隆起型多见。而直肠癌多呈不规则菜花状，涉及范围大，多在3.0cm以上，环绕肠壁生长，边界不清，肠腔狭窄常见。
4.AIDS 在AIDS患者中，常可有多种消化系统症状，主要缘于相关的胃肠道感染及肿瘤。侵及结肠者可表现腹泻，内镜下多为局灶性充血或有点状出血，偶见小泡囊或糜烂，严重者常可见散在分布的溃疡。肠道的卡波济肉瘤、淋巴瘤等，也可由于瘤体所致的肠梗阻或肠道黏膜溃疡而引起出血。HIV病原学检测、体检、结合病史及免疫缺陷等实验室资料的综合分析可明确诊断。
5.性病性淋巴肉芽肿 累及直肠时可产生溃疡、炎症、狭窄甚至出下梗阻等症状。病原学检测、体检及结合病史可以确诊。
