尖锐湿疣需要与以下几种常见的疾病相鉴别：
1、假性湿疣：又名绒毛状小阴唇，在双侧小阴唇内侧或尿道口周围，可见多发性、群集性颗粒状丘疹，或绒毛状突起，是正常的生理变异，不属疾病。
2、阴茎珍珠状丘疹：在男性冠状沟处，发生多个针头大小的黄白色结节或淡红色的小丘疹，质硬、排列成行、无压痛、醋酸白试验阴性。
3、扁平湿疣：是二期梅毒的特征，常见于外阴及阴茎冠状沟和肛门部位，呈扁平样隆起，大小不等、边界清楚，表面光滑潮湿、无角化，分泌物行暗视野检查可见大量的梅毒螺旋体，梅毒血清试验阳性。
4、生殖器及肛管癌：多见于老年人，病变呈浸润性生长，容易发生溃疡，活检行病理检查见到癌细胞可确诊。
5、鲍温样丘疹病：为多发性小丘疹，呈红色或棕红色，多见于青壮年男女的生殖器皮肤，或肛周等处，活检组织行病理检查为类似鲍温病样改变。
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