生殖器疱疹一般需与以下几种疾病鉴别：
1、软下疳：损害表现为外阴部溃疡，基底软，伴疼痛与触痛，单侧腹股沟淋巴结肿大、触痛，可形成溃疡并排脓。
2、硬下疳：一般呈现为单个溃疡，呈圆形，周边稍隆起，质地较硬，通常伴有无痛性腹股沟淋巴结肿大。
3、白塞病：是一种以血管炎为基础的慢性多系统疾病，可出现口腔、生殖器溃疡，其生殖器溃疡大而深，持续时间长，可出现皮肤结节性红斑、毛囊炎。
4、外伤性生殖器溃疡：皮损单发，常有局部损伤史，无固定形态，溃疡表面可为岀血样或化脓样，实验室检査査不到单纯疱疹病毒。
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