大便的气味由细菌分解的产物所致，产生气味的主要成分为吲哚、粪臭素、碳化氢、胺、乙酸、丁酸等。 其中产生粪便恶臭的是吲哚、粪臭素。 结肠不产生酶，只有细菌起消化作用。结肠内有多种细菌，大肠杆菌70%，厌氧杆菌20%，还有链球菌、变形杆菌、葡萄球菌、乳杆菌、芽胞和酵母。另有极少原生动物和螺旋体。 粪便在肠内积存的时间长了就像食物在高温环境下放久了会变质发出馊味儿一样。肠内温暖，大便就会很快“变质”，所以才臭臭的。
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