由于胎儿心脏在发育过程中受到干扰，使部分发育停顿或缺陷，以及部分该退化者未能完全退化所致。
一、胎儿周围环境因素。妊娠早期子宫内病毒感染，以风疹病毒感染后多见，常引起动脉导管未闭及肺动脉口狭窄，其次为柯萨奇病毒感染(Coxsakie )可引起心内膜弹力纤维增生症，此外羊膜病变，胎儿周围机械压迫，母体营养障碍，维生素缺乏及代谢病，母体用细胞毒类药物或较长时间放射线照射，均可能与本病发生有关。
二、遗传因素。5%先心病患者发生于同一家族，其病种相同或近似，可能由于基因异常或染色体畸变所致。
三、其他。高原地区动脉导管未闭及房间隔缺损发病率较高，发生可能与缺氧有关。有些先心病有性别倾向性。
胎儿期：妈妈在怀孕期间没有重视孕期营养与保健，导致胎儿发育不良。婴儿出生时的身高体重低于正常水平，直接导致儿童期瘦小。
新生儿期：新生儿阶段的喂养不足是导致儿童过于瘦小的另外一个原因。新生儿期间，尤其是出生以后一周，如果热量不足，营养不够会导致整个儿童期得生长发育落后。因此新生儿期间一定要让孩子吃饱，如果是人工喂养，奶粉的冲调浓度一定要按照科学的比例。
婴儿期：父母如果在婴幼儿期不及时合理地给婴儿增加必需的辅食，致使婴儿摄入的总热量不足，不能满足其迅速生长发育的需要，也是导致儿童瘦小的原因。
幼儿期：这个阶段的孩子，瘦小的原因主要是不良的饮食习惯，如零食吃得过多影响正餐的胃口，挑食偏食等。
其他原因：微量元素缺乏。最能影响小儿生长的是锌元素。缺锌会降低孩子的食欲。因此如果你的孩子比较瘦小应该去医院检查一下是否缺乏锌元素。
病理因素。有肥大性幽门狭窄等先天性疾病;有缺铁性贫血、结核病、反复呼吸道感染、肾小球肾炎、风湿热、蛋白质-能量营养不良等慢性疾病等，都会使小儿成为瘦小型。
