原发性甲减症状和体征与甲亢形成显著对比，起病可以隐蔽和难以捉摸。面部表情迟钝，声哑，讲话慢;由于玻璃样酸和硫酸软骨素的粘多糖浸润使面部和眶周肿胀，怕冷显著;由于缺乏肾上腺能冲动，眼睑下垂;毛发稀疏，粗糙和干燥;皮肤干燥，粗糙，鳞状剥落和增厚。体重中度增加，主要是由于食物代谢降低和水分潴留。病人健忘和显示智能损害伴渐进性人格改变。某些表现为忧郁，可能有明显的精神病(粘液性水肿狂躁)。
常有胡萝卜素血症，手掌和足底特别明显，这是由于胡萝卜素沉积在富有脂肪的上皮层。蛋白基质沉积使舌变得肥大。甲状腺激素和肾上腺能兴奋降低导致心动过缓。心脏可以扩大，部分是因为扩张，但主要是由于高蛋白含有浆液渗出在心包腔内积贮。可有胸腔和腹腔渗出。心包和胸腔渗出发展较慢，仅极少数会导致呼吸窘迫和血液动力学障碍。病人一般有便秘，可以极其严重。手，脚麻木多见，此常由于腕-跗管综合征，系蛋白质基质沉积在腕，踝周围韧带产生神经压迫所致。反射甚有助于诊断，因为收缩活跃，松弛缓慢。甲减妇女常有月经过多，与甲亢月经过少正好相反。体温低多见。常有贫血，通常是正常细胞-正色素性，其原因不清，但由于月经过多可以是低色素，有时因为有恶性贫血和叶酸吸收减少出现大细胞性贫血。一般来讲，贫血罕见严重(Hb>9g/dL)。当低代谢纠正，贫血好转，有时需6~9个月。
粘液性水肿昏迷是威胁生命的甲状腺功能减退症的并发症。特点包括甲状腺功能减退症病程长，昏迷伴有极低体温(24~32。2℃)，反射消失，癫痫发作，CO2 潴留和呼吸抑制。严重低温可被忽视，除非用特殊低读数温度计。必须根据临床，病史和体检作出快速诊断，因为有过早死亡的可能。促发因素包括寒冷，疾病，感染，外伤和中枢抑制药。
最重要的是鉴别继发性与原发性甲状腺功能减退;继发性甲状腺功能减退少见，常常由于下丘脑-垂体轴心病变影响其他内分泌器官。已知甲状腺功能减退妇女，继发性甲状腺功能减退的线索是闭经(而非月经过多)和在体检时有些体征提示区别。继发性甲状腺功能减退皮肤和毛发干燥，但不粗糙;皮肤常苍白;舌大不明显;心脏小心包无渗出浆液积贮;低血压;因为同时伴有肾上腺功能不足和GH缺乏，所以常常出现低血糖。
实验室评估显示，继发性甲状腺功能减退低血TSH水平(虽然放射免疫测定TSH水平可以正常，但生物活性降低)，而原发性甲状腺功能减退，对垂体无反馈抑制，血清TSH水平增高。血清TSH是诊断原发性甲状腺功能减退最简单和最敏感的试验。原发性甲状腺功能减退血清胆固醇常增高，而继发性甲状腺功能减退很少如此。其他垂体激素和其相应靶腺激素可以低。
TRH试验(见前甲状腺功能实验室检查)有助于区别继发于垂体功能衰竭和继发于下丘脑衰竭的甲状腺功能减退。后者对TRH反应是TSH释放。
甲状腺功能减退TT3 测定值得注意。除了原发性和继发性甲状腺功能减退外，另外一些疾病有血TT3 减低特征，包括TBG降低，某些药物影响(见上文)和由于急慢性疾病，饥饿，低碳水化合物的正常甲状腺功能病态综合征(见上文正常甲状腺功能病态综合征讨论)。
较严重甲状腺功能减退病人T3 和T4 均低。然而许多原发性甲状腺功能减退病人(高血清TSH，低血清T4 )可以有正常循环T3 ，这大概是因为持续兴奋衰竭的甲状腺，导致优先合成和分泌生物学有活性T3 。
在治疗上，用甲状腺素片或左旋甲状腺素(L-T4 或L-T3 )均有明显疗效，但上述药物应从小剂量开始，逐渐增加到耐受量。
