患者消瘦，营养不良，腹泻，呈脂肪便。本病患者空肠粘膜上皮的绒毛及微绒毛呈明显萎缩，粘膜表面扁平。粘膜固有层显慢性炎性改变，有淋巴细胞、浆细胞，有时有嗜酸性粒细胞浸润。如患者饮食不含麸质类食物，则上述肠粘膜病变可以恢复。
加到体外培养的空肠粘膜上，可见引起组织内T细胞增生。
常见的恶臭便症状有消瘦、腹泻、呈脂肪便、便恶臭等，需要和下面的症状相互鉴别。
呈泡沫样有腥臭味稀便：新生儿流行性腹泻(epidemic diarrhea of newborn)是指健康搜索在产科婴儿室或医院新生儿病房中爆发流行的腹泻健康搜索由于新生儿免疫功能不完善及环境因素，易发生感染健康搜索病原以细菌、病毒、真菌寄生虫较为常见主要通过孕母产道被污染的乳品水、乳头食具成人带菌者等传播扁鹊网。不同病原所致的新生儿流行性腹泻各有一定特点： (1)大肠埃希杆菌肠炎：致病性大肠埃希杆菌肠炎大便为水样、蛋花汤样有腥臭味;产毒性大肠埃希杆菌肠炎大便为稀水样;侵袭性大肠埃希杆菌肠炎大便呈黏液脓血样勱有腥臭味勱大便量不多扁鹊网 (2)鼠伤寒沙门菌肠炎：大便性状多变勱，可呈水样黏冻样、黑绿色或灰白色有明显的腥臭味。 (3)轮状病毒肠炎勱：起病急扁鹊网常发热大便稀水样扁鹊网量多健康搜索，腥臭味可不明显。 (4)金黄色葡萄球菌肠炎：大便多为黄绿色、暗绿色、水样，有腥臭味。 (5)真菌性肠炎：大便呈黄绿色稀水样，或豆腐渣样，泡沫多。
乳糜泻：乳糜泻以前称非热带脂肪泻(non-tropical statorrhea，celiac disease)，又称乳糜腹泻、麦胶引起的肠病(glutin-induced enteropathy，简称麦胶肠病)。
痢疾样大便：细菌性痢疾(bacillary dysentery)，是由痢疾杆菌引起的常见急性肠道传染病，以结肠化脓性炎症为主要病变，有全身中毒症状、腹痛、腹泻、里急后重、排脓血便等临床表现。由于临床表现和疾病经过不同，医学家将痢疾分为普通型痢疾、中毒型痢疾和慢性痢疾。痢疾虽然有多种类型，对孩子生命有威胁的只有重型和中毒型。中毒型痢疾的多数孩子起病突然，高热不退，发病初期肠道症状往往不明显，有的经过一天左右时间才排出痢疾样大便。在典型痢疾大便排出前，用肛管取便或2%盐水灌肠，有助于早期诊断。在痢疾高峰季节，孩子突然高热抽风，精神很弱，面色灰白。
心悸伴消瘦、腹泻：老年人甲亢起病隐匿，与年轻人甲亢的典型症状不太一样，多数以心律失常、高血压、食欲减退、腹泻、消瘦等心血管和胃肠道症状为主。因此，如果60岁老年人出现心悸、腹泻、体重减轻但精神状态良好的情况，要警惕甲亢来袭。
如患者饮食不含麸质类食物，则上述肠粘膜病变可以恢复。
