重庆医科大学附属口腔医院（重庆市口腔医院）的前身是1943年10月原“国民政府中央卫生实验院”设立的“沙坪坝牙病防治所”。1946年7月“国民政府中央卫生实验院”因抗战胜利回迁南京，将“沙坪坝牙病防治所”全部移交“重庆市国民政府卫生局”，并在此基础上成立了“重庆市牙病防治所”。1955年7月，重庆市人民政府又以“重庆市牙病防治所”为核心，汇集重庆市各大医院的所有著名口腔专家，成立了“重庆市口腔病医院”，成为北京、天津、重庆、南京四家全国最早建立的省市级口腔专科医院之一。1995年7月，医院更名为“重庆市口腔医院”。2001年7月，经重庆市人民政府批准，重庆市口腔医院成建制划归重庆医科大学，成为重庆医科大学附属口腔医院，组建口腔医学系。2005年成立口腔医学院。
重庆医科大学附属口腔医院是集医疗、教学、科研、预防、保健、急救为一体的国家三级甲等口腔专科医院，有三个院区：北部新院、上清寺院区、黄水康复疗养院区；两个门诊部：沙南街门诊部和大学城门诊部。业务用房总建筑面积63459m2。医院设置病床100张、牙科综合治疗椅469台。开设了牙体牙髓病科、牙周（粘膜）病科、颌面外科、修复科、正畸科、预防科、牙种植科、VIP中心、整形美容中心、儿童牙病中心、洁牙中心、唇腭裂序列治疗中心、会员中心。医院现有在岗职工721人，其中专业技术人员649人，绝大多数专业技术人员均具有硕士、博士学位。“重庆市口腔医学会”、“重庆市医院管理学会”、“重庆市口腔临床医疗质量控制中心”设在本院。医院也是目前重庆市唯一的“口腔临床住院医师规范化培训基地”，其口腔医疗综合服务功能和技术水平位居国内先进行列。
重庆医科大学附属口腔医院拥有一支业务技术精湛、教学严谨、年龄职称结构优良的人才梯队，教授19人，副教授45人，博士生导师4人，硕士生导师34人，硕士156人，博士42人。
重庆医科大学附属口腔医院开展儿童及成人各种牙病治疗、牙颌面畸形矫治、口腔及颌面部肿瘤治疗、牙种植、牙修复、牙周粘膜病系统治疗等100余项先进治疗技术。在美容牙科及颌面部整形美容方面也具有丰富的经验及数十年的技术积淀。
科研工作成绩显著。近几年来，医院承担科研课题103项，其中国家自然科学基金3项。近5年获科研成果6项，发表论文（含SCI）共264篇，参编全国统编教材、出版学术专著共计12部。口腔临床医学被重庆市教委、重庆市卫生局认定为“十一五”医学重点学科；口腔医学实验教学中心被重庆市教委批准为“市级实验教学示范中心”；口腔医学专业被重庆市教委评为“重庆市高等学校特色建设专业”。
