福建医科大学附属口腔医院建院基础为1984年成立的福建医学院口腔医学系，前身为1986年设立的福建医学院附属口腔医院门诊部。自1997年12月开诊后，经过艰苦创业、开拓奋进，现已成为福建省口腔医疗、教学、科研、预防中心。2014年增加冠名福建省口腔医院。医院座落在福州市鼓楼区杨桥中路246号，占地面积5724.12㎡，建筑面积7179.94㎡。现有4个外设门诊部 (交通路门诊部、晋江门诊部、连江门诊部、省人民医院口腔门诊部)。
医院科室门类齐全：设有牙体牙髓科、牙周科、黏膜科、儿童牙科、口腔预防科、口腔颌面外科(包括门诊、病房、整形美容等)、种植科、口腔修复科、口腔正畸科、急诊综合科、特诊科、交通路门诊部等临床诊疗科室，其中牙周病学是卫生部国家临床重点专科。口腔种植科、牙周病科为福建省医学重点专科;科室配备有国内一流的牙科综合治疗椅和先进的口腔诊疗设备、材料。全方位提供口腔健康的预防、保健、诊疗等服务。
医院专业技术力量雄厚。现有医护员工371人，临床医师中93.1%的人员为大学本科以上毕业，具有博士硕士学位人员占医师数的67.5%。在专业技术人才队伍中，获国务院政府特殊津贴2人、入选福建省百千万人才工程3人，多名专家分别当选全国高校口腔医学专业教学指导委员会委员、国际牙医师学院院士、中华口腔医学会各学科专业委员会副主任委员、常委、委员。
坚实的人才基础为医院奠定了满足人民群众口腔健康需求的重要条件。医院坚持以人为本，树立“以病人为中心”的理念，围绕“服务、质量、安全、费用”的医院管理年目标，不断提高医疗质量，改善服务态度，吸收并开展新技术、新方法，在各类口腔疾病的临床诊断、治疗、科研等方面均居全省领先水平。
医院注重保障医疗安全，建立完善的消毒隔离机制，坚持院感监控和管理，规范高温灭菌消毒程序，坚持诊治患者“一人一机”，有效杜绝医源性感染。
医院作为福建医科大学口腔医学院的直属教学医院和临床教学基地，承担为福建省培养高级口腔医学人才的任务。现有口腔基础医学、牙体牙髓病学、牙周病学、口腔黏膜病学、儿童口腔医学、预防口腔医学、口腔颌面外科学、口腔修复学、口腔正畸学9个教研室，福建省口腔医学实验教学中心和福建省高校口腔医学重点实验室。现为口腔临床医学博士学位授权单位，以及口腔医学一级学科硕士点授权单位，现有博士生导师4人、硕士生导师22人，福建医科大学学科带头人5人、青年骨干教师11人。同时，每年招收本科生100多人(含港澳台生10余人)、博、硕士研究生40多人。
医院在口腔医学的科学研究方面不断取得新进展。近年来，医院获国家自然科学基金资助项目、福建省重大科研项目等多项国家级、省部级、厅市级科研课题，获省科学技术奖二等奖3项、三等奖2项，省卫生厅科技进步奖3项，以及省青年科技奖、省运盛青年科技奖等。
医院注重对外交流与合作。在福建医科大学的支持下，聘请国内外口腔医学界知名专家为兼职或客座教授，与国内外口腔学术界保持密切联系，注重口腔医学最新发展成果的学习应用，不断扩大医院的影响。
医院现为福建省口腔医学会和福建省牙病防治中心的挂靠单位，是福建省执业医师(口腔类别)技能考试基地、福建省口腔临床住院医师规范化培训基地。我院口腔全科、口腔内科、口腔颌面外科、口腔修复科和口腔正畸科5个专业成为首批国家住院医师规范化培训基地。
医院不断深入开展精神文明创建活动，加强职业道德建设，先后获评福建省先进教工小家，省级和省直级“青年文明号”、省“五一先锋岗”、福建医科大学**基层党组织等荣誉称号。
