福建医科大学附属第二医院始建于1881年，原名“惠世医院”，为英国教会医院。1973年整建制划归福建医科大学，更名为福建医科大学附属第二医院。医院是福建省首批通过卫生部评审的四家三级甲等综合医院之一，是我省主要的医疗、教学、科研、毕业后教育基地之一，是博士、硕士研究生学位授权点单位、国家级博士后科研工作站。是国家省级区域医疗中心，福建省呼吸医学中心挂靠单位。医院在全国三级公立医院绩效考核评价中连续两年进入全国前10%，等级A+。医院荣获第六届“全国文明单位”荣誉称号。
医院设鲤城和东海两个院区，鲤城院区占地24.57亩，东海院区占地322.6亩；医院编制床位2000张，年门急诊量150万人次，住院量8.5万人次，年手术量近7万台次，其中住院手术近5万台次，跻身“2020中国综合医院手术量百强榜”。现有员工近3000人，其中正、副高职称439人，博、硕士600人,医师中具有博士、硕士研究生学历占总数近70%，博士生导师18人，硕士生导师119人，教授、副教授133人。在国际学会任理事、委员等学术任职2人，国家级学（协）会委员以上学术任职90人次、省级学（协）会副主任委员以上学术任职43人次。医院是海峡两岸医药卫生交流协会海西介入呼吸病学专业委员会、中国残疾人康复协会康复工程与辅助技术专业委员会视障辅助技术专业学组挂靠单位。
医院历来以外科技术精湛著称，上世纪四、五十年代率先在泉州地区开展大、中型外科手术，并为泉州地区培养了大批医学骨干力量。近年来，医院学科建设取得长足发展，介入呼吸病学、低视力康复、产前超声医学等亚专科跃入国内先进水平。医院是福建省呼吸医学中心挂靠单位，免疫学和变态反应专业、皮肤病专业、超声诊断专业、肿瘤科（中西医结合）等专科被列入省级临床重点专科。呼吸与危重症医学科、免疫风湿科、超声医学科、眼科、皮肤医学美容、中西医结合肿瘤科、生殖医学等多个专科或亚专科处于省内领先水平。胃肠外科、甲乳外科、骨质疏松、脊柱外科、关节外科、肝胆胰外科、重症医学科、泌尿外科、妇产科、内分泌与代谢病科、心血管内科、神经内科、血液内科、肾脏内科、消化内科、肿瘤化疗科、放射治疗科等专科或亚专科处于省内先进水平。
医院获颁国家人力资源和社会保障部博士后科研工作站，是国家药物临床试验机构，与美国Salus大学合作成立国际联合低视力康复教育中心，入选全国首批专科医师规范化培训基地、中国医师协会呼吸内镜医师培训基地、国家呼吸临床研究中心核心成员单位、福建省呼吸系统疾病介入诊疗临床医学研究中心、PCCM专科医师规范化进修基地，获全国首批PCCM科规范化建设三级医院优秀单位，与长庚科技大学联合建立呼吸治疗培训基地,承担“省域重大疾病诊疗能力提升项目（肺癌综合诊疗）”。是中国辅助技术研究所视障辅助技术研究中心、福建省低视力康复指导组、福建省视障康复技术指导中心、福建医科大学肝胆胰疾病数字化技术临床应用中心挂靠单位；获国家级皮肤医疗美容示范基地、国家心血管疾病诊疗质量监测基地、国家心肺预防与康复协作网示范中心、中国心衰中心认证单位、全国临床药师培训基地、国家卫生计生委脑卒中筛查与防治基地、中国卒中学会综合卒中中心、国家卫计委脑防委高级卒中中心、中国胸痛中心认证成员单位、中国肺癌联盟肺结节诊治分中心、国家标准化代谢性疾病管理中心、中国糖网筛防中心、骨质疏松症防治合作基地、国家痛风规范诊治中心、骨科机器人远程手术中心创建单位、全国静脉血栓防治中心优秀单位、全国出生缺陷防治人才培训项目培训协同单位、国家药品不良反应中心哨点医院、中华医学会骨密度测量质量控制合格认证单位等，人类生殖辅助技术IVF通过国家资质评审，是中国妇幼保健协会“母婴友好医院”、福建省产前诊断中心、福建省危重症孕产妇转诊救治网络医院、泉州市疑难急危重症和孕产妇抢救中心等。
医院作为福建医科大学第二临床医学院、国家级住院医师规范化培训基地和省级医学继续教育基地之一，设有14个专业国家级住培基地、1个国家级专培基地、25个医学教研室。医院依托睡眠医学省高校重点实验室、视障辅助技术福建省高校工程研究中心、福建省呼吸系统疾病介入诊疗临床医学研究中心、泉州市恶性肿瘤临床研究中心、神经调控代谢性疾病研究中心、临床医学研究中心、临床分子诊治研发中心、干细胞实验室和中心实验室，大力开展医学科学研究。“十三五”期间获各级科研课题立项482项，承担国家重点项目子课题3项，获科技成果奖33项，其中省部级科技成果奖6项。
医院在全省率先引进“天玑”智能骨科手术机器人，拥有PET/CT、双源CT、128排高端CT、3.0磁共振（MRI）、单光子发射计算机断层扫描仪（SP-ECT）、直线加速器（LA）、放射治疗后装机、三维定向经皮穿刺导航机器人、数字减影血管造影机（DSA）、高端手术显微镜、支气管导航系统、术中导航超声仪、高端多普勒超声仪等先进医疗设备。医院有层流净化、数字一体化、现代化手术室，设置有百级数字化手术室系统。
医院高度重视与国内外的学术交流，与美国纽约大学、日本山梨医科大学、日本鹿儿岛大学、荷兰自由大学、台湾长庚科技大学、英国皇家国立骨科医院、美国加州大学、新西兰奥塔哥大学、美国希望之城医院、美国纽约西奈山呼研所、意大利米兰大学等机构及学者建立了合作关系，聘任数十名国内外专家作为医院客座教授、特聘教授、高级专家。
医院获全国文明单位、全国医院文化建设先进单位、全国医院新冠肺炎疫情防治党建先进团队、中国医院科学抗疫创新团队、全国改善医疗服务创新医院、福建省平安医院、泉州市级平安单位、泉州市十佳工匠精神企业（单位）等荣誉。
