昆明市儿童医院前身是1920年英国教会（中华圣公会）创办的教会医院——“惠滇医院”。1950年，由昆明市人民政府接管，作为昆明陆军医院的妇产分院，于1958年改建为昆明儿童专科医院。目前已成为云南省唯一一所集医疗、教学、科研、保健、预防为一体的儿童综合性医院。
昆明市儿童医院现有正式职工931人，卫生技术人员758人，高级职称及硕士生导师以上专家102人，市级、局级、院级学科带头人及后备人32名，博士、硕士研究生63名。医院核定床位300张，实际开放床位500张。日诊治门、急诊患儿近3000人，年门诊人次80余万，年抢救转诊危、急、重症患儿万余人，抢救成功率98.1%。两年后新院建成，医院规模将达到1000张床，综合服务能力大大提高。成为一所面向全省，辐射周边和东南亚地区的现代化儿童医疗康复中心。
昆明市儿童医院目前设有28个临床医技科室。有省级医学研究中心5个，市级医学重点学科5个和医学研究（技术）中心10个。设有PICU、NICU、CCU，内、外科实行二级分科，小儿眼科、耳鼻咽喉科、口腔科、儿保部、康复科、检验科、中心实验室、放射科、病理科等，各医技功能科室齐全。医疗设备先进，有双排螺旋CT、DR、CR、双C臂数字减影系统、全自动生化分析仪，多普勒彩色超声仪等100余台各种大中型医疗仪器设备。医院在省内率先完成了His系统和Pacs系统的融合、建立了Lis系统、医疗一卡通信息收费系统、医生工作站、排队呼叫系统等，为现代化、数字化医院奠定了坚实基础。保证了医疗、教学、科研、工作的开展。医院现已成为昆明医学院、大理学院、昆明市卫生学校、楚雄市卫生专科学校教学医院和儿科硕士点分部，并已开展了研究生的培养工作。每年有多项科研成果获省、市科技进步奖，有上百篇论文发表在国家级、省级专业期刊上。医院拥有一支老中青的儿科专业技术人才队伍。医院与国际组织机构有多项合作项目，得到国际有关组织的赞誉和省、市各级政府的嘉奖、表彰，获得省、市先进集体、市级文明单位等荣誉称号。
昆明市儿童医院承担着繁重的医疗、保健、科研和教学任务，为推动昆明地区及全省儿科医学的发展，挽救患儿的生命，促进儿童健康，提高人口素质，做出了十分重要的贡献。
儿童是祖国的未来，民族的希望，儿童的健康关系着家庭幸福，社会进步，国家发展，加强儿童医疗保健事业责任重大，意义深远。根据昆明市“十一五”卫生事业发展规划和区域卫生规划，为了科学合理地配置医疗资源，满足日益增加的儿童医疗服务需求，解决病人看病难的问题，省委、省政府和市委、市政府高度重视，结合现代新昆明建设发展规划，将儿童医院南市区新建项目纳入昆明市“十一五”规划和重点建设项目，决定在南市区建设一所代表全省最高儿童医疗水平的大型综合性儿童医院，新院总用地面积113亩，投资6.9亿，建筑面积达11万余平方米，设置床位800张，日接诊量可达5000人次，年门诊量可突破100万人次，年收治住院病人约3万人次。医院将以改革和项目推进为契机，抓住机遇，加快改革步伐，不断提高医院管理水平和医疗服务质量，把医院建设成为一所集医疗、教学、科研、预防、保健、康复于一体；技术精湛，设施精良、服务优质、管理高效；学科特色鲜明，整体实力雄厚；立足云南，辐射周边地区，面向东南亚的现代化综合性儿童医学中心。
