石河子大学附属医院坐落在石河子市东区，东临国家级石河子经济技术开发区，西临石河子大学医学院，北临石河子大学中心区。始建于1949年，是全国农垦系统最大的一所集医疗、教学、科研、预防、保健、康复、急救为一体的综合性“三级甲等医院”、“全国百佳医院”、“全国百姓放心医院”，是兵团卫生系统医疗、教学、科研的中心。
作为兵团及自治区范围内最重要的医疗、教学、科研以及卫生人才培养基地之一，医院占地面积24万平方米，建筑面积近13万平方米，开放床位1200张，设32个临床科室，20个临床教研室，11个医技科室，门诊部及其它辅助业务科室，是兵团肝胆外科中心、兵团关节镜中心、兵团内窥镜中心、以及兵团心脏介入起搏诊疗中心、肿瘤放射治疗中心，自治区护理质量控制中心和自治区病理质量控制中心。06年，医院新增设了质量控制办公室、对外交流办公室、肿瘤内科、医疗服务咨询中心等机构，不仅完善了医院的机构建设，而且方便了患者。医院年门诊量44.6万人次，年住院量2.66万人次。全院现有职工1284人，其中专业技术人员1129人，具有高级职称专业技术人员186人，中级职称440人，享受政府特殊津贴的优秀专家19人，硕士研究生导师55人，已培养和正在培养的脱产和在职博士、硕士研究生达145人。医院每年承担着石河子大学医学院、成人教育学院、科技学院及护士学校等医学类课程2万余课时的临床教学任务，是石河子大学医学院的研究生培训基地，现有外科学、内科学、妇产科学、眼科学、肿瘤学、麻醉学等六个专业学科拥有硕士学位授予权。至2006年底，医院固定资产达2.7亿元。
石河子大学附属医院设备先进，拥有美国GE Hispeed NX/i多层螺旋CT、美国GE Signa1.5T核磁共振仪(MRI)、美国GE Prucka Cardio Lab4000型32导电生理仪、KODAK DR7100型DR、 KODAK PACS影像系统、美国GE Lcv+数字减影血管造影机（DSA）、德国ERBE10139-000型螺旋水刀、日本奥林巴斯LUCERA电子内窥镜、美国史赛克宫腔镜、日本奥林巴斯VISERA腹腔镜、美国史赛克腹腔镜五套、美国史赛克关节镜两套、美国史赛克胸腔镜一套、美国史赛克耳鼻喉镜一套、美国枢法模椎间盘镜一套、日本全自动生化分析仪、爱尔博电外科工作站、美国GE SYSTEM FIVE彩色多普勒心脏超声诊断仪等大型高精尖诊断治疗仪器，为医院的医疗、教学、科研工作提供了有力的保证。2006年底，医院专业设备总金额达到1.2亿元。
石河子大学附属医院坚持科技兴院，着眼于长远发展，注重不同年资、不同学历层次、不同专业的人才培养，近五年来，每年投入人才培养经费110余万元，同时采取多种方式大力吸引高层次医学人才。近年来,累计引进和培养医学博士28人，硕士研究生129人。人员素质的提高大大促进了科研工作的发展，近五年来，医院完成科研成果95项，其中7项为国内领先或先进水平，20项成果获省、市科技进步奖，3项国家专利，全院开展新项目、新技术110项，出版专著17部，在全国各类各级公开出版的杂志发表学术论文964篇。经过多年的不懈努力，医院的普外科、消化内科、心血管内科、中医科已成为石河子大学重点学科。其中，肝包虫囊外摘除术、肝纤维化临床诊断与研究、消化内镜的临床应用、关节镜的临床应用与研究、腹腔镜在泌尿外科的应用与研究、腹腔镜在妇科疾病的应用、宫腔镜的临床应用等技术在疆内居领先水平。
为提高工作效率，进一步方便患者，医院于1996年在兵团范围内率先实现计算机全院联网。各科室主要业务数据均实现了计算机网络的实时采集和汇总。2002年，又投资100余万元对院内计算机网络进行了更新改造。2005年，又投资建设医生工作站，实现了医生医嘱和病历的计算机输入和管理，实现了病历无纸化。为了加强与上海、北京等知名医院的联系，同时，也通过网络加强对疆内各师局等基层医院的业务指导，医院建成了远程医学系统，通过互联网，实现了与内地一流专科医院的实时交流。充分发挥医院的带动和辐射作用，促进边疆医学事业的发展。
为强化医疗服务质量的全过程管理，进一步提高医疗服务质量，2004年，医院按照国际通行的ISO9000族质量管理体系要求，创建起标准化的质量管理体系，提出了“以人为本、患者至上”、“全员参与、持续改进”、“创建绿色医疗环境”的质量方针。通过对医疗服务过程的环节控制，务求达到既定的质量目标，从而更好地为患者提供稳定、有保障的规范化服务。
为给患者创造满意的就诊环境，医院先后投资近两千万元建成了设施先进、布局合理的门诊大楼，其规模设施占居疆内领先地位，技术先进，设备优良，功能齐全，为患者提供了一个舒适、便捷的就医空间。2004年又投资1.36亿元建设了住院二部，建筑面积近3万平方米，已于2006年6月交付使用；投资1300余万元、建筑面积5111平方米、结构合理、设施齐备的兵团传染病院也于2005年投入使用。住院二部及兵团传染病院的投入使用，改善了病人的就医条件和就诊环境。投资1900万元、建筑面积1万平米的老干病科及兵团中医院也将于2007年开始动工。
石河子大学附属医院交通便利、环境优美。近年来，医院逐年加大对院容院貌的绿化和美化，累计投入资金200余万元，用于绿化和环境改造。目前，医院的各种绿地面积已达11.3万平方米，绿化覆盖率已达到50.8%，道路两侧绿化普及率达到99%以上，全院人均公共绿地达到46平方米。院内绿树成荫、整洁优美，有草坪、花带、假山、凉亭、景点，三季有花，四季常青，道路整齐划一，连续多年被当地人民政府授予红旗卫生单位、绿化先进单位和“花园式单位”。医院继续保持了石河子市“花园式单位”和“红旗卫生单位”的称号，并被评为“自治区绿化模范单位”。今年新增绿化草坪4200平米，各种灌木、花草树木6000株，做到了冬有树、夏秋有花、春有绿草，草成片、花成块、一池一特色，一院一景致。住院二部的建设获得自治区质检总站的高度评价，荣获了自治区“天山杯”，并且作为自治区和兵团本年度唯一推荐项目参加国家“鲁班奖”的评选。为创建安全文明小区，医院加大综合治理力度，逐级逐人落实社会治安目标责任书，使综治工作形成“层层有人抓，处处有人管，事事有人干”的综合治理网络，为全院干部职工以及来院就诊的患者创造了安全、文明、整洁的居住、工作和就医环境。医院多次被石河子市人民政府评为“师市社会治安综合治理先进单位”。
以院党委为首的医院领导班子，忠实实践“三个代表”的重要思想，以发展求生存，以改革增活力，实施科技兴院，人才强院。围绕以病人为中心，医院实现了跨越式发展，社会效益和经济效益显著提高，连续8年被当地政府授予“精神文明建设先进集体”，1984年以来保持了省级“文明医院”称号，1995年以来为“兵团精神文明先进单位”，1998年为兵团职工职业道德建设“十佳”单位，1999年荣获第五届全国职工职业道德先进单位，2001年被自治区、新疆军区授予“双拥工作先进集体”，2003年被评为全国抗击“非典”先进基层党组织。2004、2005年连续两年荣获师市“绿化先进单位”，2004年获师市“医院管理先进单位”，2005年获师市“纠风工作先进单位”，2005年荣获师市“人口与计划生育工作先进单位”。 2006年，被评为“自治区绿化模范单位”。2006年，在自治区开展的“援建军营图书馆、共建学习型军营”双拥工作中获得了先进集体的荣誉称号，荣获由中共农八师石河子市委员会、农八师石河子市人民政府、石河子军分区联合授予的“拥军优属模范单位”荣誉称号。
石河子大学附属医院将始终恪守“救死扶伤，患者至上”的办院宗旨，加速医院全面建设，为边疆人民的健康事业做出更大的贡献。
