2000年10月，经省政府（苏编〔2000〕21号和44号）批准,由原江苏省卫生防疫站（省结核病防治所）、江苏省职业病防治所（省职业病防治院）、江苏省卫生宣传教育所和江苏省皮肤病防治研究所（省性病监测中心）合并组建江苏省疾病预防控制中心，是直属江苏省卫生和计划生育委员会领导的主要从事疾病预防控制工作的公益性事业单位。2002年3月、2008年7月增挂江苏省卫生检测检验中心、江苏省公共卫生研究院。2013年，加挂“国家食品安全风险监测江苏中心”和首批“国家食品安全风险监测参比实验室（有机污染物）”。2015年，加挂江苏省公共卫生实践教育中心。2014年成功建设申报“国家医师资格考试实践技能考试与考官培训基地（公卫类别）”。
中心现有在职在编职工487名，其中，专业技术人员440人，研究生以上学历205人，正高级技术职务73人，副高级技术职务94人。现辖31个部门（室、科、所），其中职能部门9个、业务部门18个，其它科室3个，主要有急性传染病防制、慢性传染病防制、慢性非传染病防制、性病与艾滋病防制、免疫规划、消毒与媒介生物防制、食品安全与评价、儿童青少年健康促进所（学生健康管理办公室）、环境疾病（地方病）防制、放射防护、职业病防治、毒理与功能评价、理化检验、病原微生物研究、健康教育与健康促进、公共卫生信息等专业部门，主办《江苏预防医学》、《江苏卫生保健》杂志。
中心成立以来，不断提升装备水平，改造完善基础设施，占地面积2.79万平米，2014年省突发公共卫生应急处置中心大楼建成并投入使用。办公科研实验用房达4万平米，固定资产4.04亿，50万元以上仪器设备146台2.31亿。2012年，建成国家卫生计生委“急性传染病防控队伍”和“核和辐射突发事件卫生应急队伍”两支国家级应急队伍。
中心成立以来，以国家科技重大专项和省“科教兴卫”工程为牵引，以卫生部肠道病原微生物重点实验室为平台，应用研究成就斐然，连年攀升，先后获得各级各类科技奖114项。其中省部级科技成果一等奖1项、二等奖9项、三等奖17项，市厅级科技成果一等奖26项、二等奖45项、三等奖16项，“十三五” 科教兴卫工程立项创新平台1个，重点学科1个，创新团队2个，重点人才3人；“职业病临床”获批“卫生重点临床专科”。主持国家级、省部级课题101项，其中科技部国家重大专项1项(2009、2011、2013、2015)，科技部863计划1项，国家自然科学基金21项，省自然科学基金、支撑计划、临床专项46项，其他部委及人才培养项目32项；承担或参与制定国家标准170项，发表论文3173篇，SCI收录论文从无到有，累计发表380篇，其中《Journal of the Lancet》发表7篇，《The New England Journal of Medicine》发表6篇，《Nature Genetics》1篇，最高影响因子55.873，目前拥有软件著作权34项，发明专利19项，实用新型专利专利权维持12项，标志着中心科研、监测、检测、应急、防控能力逐年跃升，有力保障和促进全省公共卫生事业发展。
中心在江苏省委省政府和省卫生计生委正确领导下，在社会各界大力支持下，坚持以邓小平理论、“三个代表”重要思想和党的十八大精神为指导，以建成具有国际影响力的现代化省级疾病预防控制中心为目标，贯彻科学发展观，积极倡导“团结、奋进、求实、创新”的中心精神，依据国家法律法规，始终坚持“预防为主”的卫生工作方针，认真履行疾病预防与控制、突发公共卫生事件应急处置、疫情及健康相关因素信息管理、健康危害因素监测与干预、实验室检测检验与评价、健康教育与健康促进、技术管理及应用研究指导等职能，紧紧围绕重大疾病防制策略，爱岗敬业、勇于进取，开拓创新、创先争优，成功应对“9.14”汤山投毒、“非典”疫情、禽流感疫情、手足口病、甲型H1N1流感、婴幼儿毒奶粉、“小龙虾”事件、瘦肉精、地沟油、人感染H7N9禽流感等多起突发公共事件，圆满完成援非抗埃国际救援保障任务，支援保障北京奥运、上海世博会、南京青奥会，特别是在应急救援“5.12”汶川特大地震、“4.20”雅安地震和“6.23”盐城龙卷风冰雹特别重大灾害、对口支援西藏拉萨、新疆伊犁和克州、四川绵竹等项目中，锻炼了队伍，展现了风貌，树起了形象，赢得了赞誉。
先后荣获中共中央精神文明建设指导委员会“全国文明单位”, 中组部“全国防治‘非典’工作先进基层党组织”, 人事部、卫生部、国家中医药管理局“全国卫生系统抗击非典先进集体”、“全国卫生系统先进集体”， 卫生部、国家食品药品监督管理局、国家中医药管理局、总后勤部卫生部“抗震救灾医药卫生先进集体”，人社部、国家卫生计生委“全国艾滋病防治工作先进集体”，人社部、国家卫计委、中宣部、外交部、商务部、解放军总政治部、解放军总后勤部“埃搏拉出血热疫情防控先进集体”, 国家卫生计生委“全国疾病预防控制工作先进集体”, 中华全国总工会“全国五一劳动奖状”，中国教科文卫体工会全国委员会“全国教科文卫体系统模范职工之家”,江苏省总工会“江苏省五一劳动奖状”、“工人先锋号”、“模范职工之家”,江苏省委省政府“全省防治‘非典’工作先进集体”、“江苏省文明单位标兵”等国家级和省部级表彰100多项。
