崇左市妇幼保健院是一所集保健、医疗、预防、科研、信息于一体的二级妇幼保健院，全国爱婴医院，是崇左市城镇职工基本医疗保险定点医院、城镇居民基本医疗保险定点医院和新型农村合作医疗定点医院。先后增挂崇左市儿童医院、崇左市妇产医院、崇左市妇幼保健计划生育服务中心牌子，实行“一套人马，四块牌子”的管理体制。
一直以来，医院始终坚持“以保健为中心、以保障生殖健康为目的，保健与临床相结合，面向群体、面向基层和预防为主”的妇幼卫生工作方针，围绕孕产保健、儿童保健、妇女保健和计划生育技术服务，优化临床和保健的资源配置，加重点专科建设，不断提高妇产科、儿科的发展能力和急危重症、疑难疾病的诊疗水平。承担着崇左市七个县(市、区)妇女儿童的医疗保健重任，是全市妇幼保健业务技术指导中心、危重孕产妇救治中心、新生儿重症救护中心和远程胎儿监护中心，也是崇左市区域内唯一的地中海贫血产前诊断中心。
医院已于2019年10月完成整体搬迁，新院地址位于崇左市江州区佛子路26号，占地面积60亩，共建有2栋业务楼，其中综合楼总投资7120万元，规模为17800平方米，规划编制床位200张；保健楼总投资2160万元，规模为7020平方米。医院已按照三级甲等妇幼保健院进行规划和设置，将两栋业务用房整合利用，实现病房与保健区域划分，在儿童医院业务综合楼设置产科、妇科、儿科、新生儿科、手术室等重点科室，在保健楼设置全市唯一一家具有产前诊断资质的遗传实验室、功能齐全的儿童早期发展示范基地，设施完备、服务优良的产后康复科。
医院现有编制床位数为：140张，共有256名职工，其中在编人员78人，聘用人员178人，卫生专业技术人员212人，占总人数82.81%，高级职称15人，中级职称55人，职工队伍结构合理，业务技术水平突出，学术科研能力强，受到人民群众的信赖。
医院拥有专用医疗设备共计400余台（件），其中包括美国史赛克內窥镜摄像系统，美国GE、日本东芝等多台高档四维彩超、日本日立全自动生化分析仪、法国 SEBIA全自动毛细管电泳仪、高通量测序仪应用系统及配套设备、德国蔡司染色体核型分析系统、美国贝克曼尿液化学及沉渣全自动分析系统、英国SLE新生儿呼吸机、肺功能检测仪、高档麻醉机等医疗设备，能够较好地满足临床治疗和妇幼保健需求。
