病人处于急性感染期者要控制症状，并且用1∶5000高锰酸钾温水坐浴，待急性炎症消退后方可手术。

结核性肛瘘，手术前2周应用抗结核药物治疗，病人无结核中毒症状，复查血沉正常才能手术。

术前1日进流质饮食。

术前2～3小时用肥皂水灌肠。

若有多个外口或内口，可先在肛管内塞入纱布，从病史中最早出现的外口注入美蓝，观察各内口的位置。用探针在最早发生的瘘管探查，将其切开并整块切除，然后再逐一探查各分支的外口或内口，均可切开，但不一定全部切除，造成术后瘢痕狭窄[图1⑴～⑷]。如果某些瘘管位于肛门括约肌浅组以上，或有多个内口，则应暂时不切，先用黑色粗丝线穿过这些瘘管，逐一疏松打结留作记号，待浅层伤口愈合以后，再分次手术，逐一切开深层瘘管[图2]。这种方法可以避免将肛门括约肌深、浅各组全部同时切断或一次切断两处或多处肛门括约肌而造成大便失禁。