1、败血型与伤寒引起发热相鉴别。
2、细菌痢疾 典型菌痢有高热、腹痛腹泻、泻脓血便。腹痛在下腹或左下腹，左下腹明显压痛，且有肠索，伴明显里急后重。粪检有较多脓细胞、吞噬细胞。重者常脱水。这都有利于和本病别。
3、其它细菌所致腹泻，如鼠伤寒、致病大肠杆菌、耶氏菌、亲水气单胞菌，其他厌氧菌等，单从临床有时很难鉴别。怀疑时应依靠病原学和血清学来确诊。胃肠型需与其他病原引起的腹泻相鉴别
4、肠道外感染者须与沙门菌病及布氏菌病鉴别。
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