新疆医科大学第一附属医院始建于1956年，是国家第一个五年计划中156个重点建设项目之一。建院59年来，经过几代人的不懈努力，已逐步发展成为一所集医疗、教学、科研、预防和管理为一体的大型综合性研究型医院，是自治区最大的“三级甲等综合医院”之一。
医院以“文化建院、人才强院、依法治院、科教兴院”为建院方针，坚持“大爱无疆、大医精诚”的医院精神，秉持“仁爱、诚信、精湛、卓越”的院训，不断增强医院内涵建设，积极构建“大爱文化”、“和谐文化”等符合新疆多民族地域特点、能够体现和涵盖医院特色、展现和弘扬医院优良传统的独特医院文化。先后荣获“全国文明单位”、“全国卫生系统先进集体”、“全国卫生系统医院文化建设创新奖”、“全国城市医院文化建设先进集体”、连续三年获“全国百家改革创新医院”、获得“自治区文明单位”、“自治区卫生系统先进集体”、“自治区首家无烟医院”等荣誉称号。
医院核定床位2700张(实际开放床位2970张)，内设16个处级行政职能部门、19个医疗中心、36个临床科室、6个医技科室、30个教研室。拥有6个卫生计生委内镜培训基地、1个卫生计生委医师规范化培训基地（34个专业）、1个科技部省部共建国家重点实验室培育基地、1个新疆重大疾病防治与转化协同创新中心、15个自治区级医学研究所、9个自治区级医疗质量控制中心、1个自治区临床技能培训中心。拥有7个国家临床重点专科建设项目、25个GCP认证专业、1个国家级精品课程、1个国家级特色专业、1个国家双语教学示范课程、2个一级学科学士学位授予点、2个一级学科硕士学位授予点、1个一级学科博士学位授予点、1个临床医学博士后科研流动站。医院有22个自治区临床重点专科建设项目、6个自治区重点学科、3个自治区重点实验室。拥有齐备的医疗检测设备和一批具有国际先进水平的高精尖设备，实现了全院内部联网，门诊就诊“一卡通”，基本实现医院办公自动化，临床信息系统基本完备，医疗水平日益提高，学科建设逐步完善。 医院代管新疆医科大学临床医学研究院、新疆医科大学口腔医院，与新疆医科大学共建“健康管理中心”。
截止2015年6月，医院有职工4965人，卫生专业技术人员占总人数的76.23%，拥有博士、硕士1320名，教授、副教授277名，导师261名（其中博士生导师92名）。20人享受国务院特殊津贴，1人获得国际南丁格尔奖，3人入选“新世纪百千万人才工程”，先后有7人被评为全国卫生系统先进个人，3人获全国“五一劳动奖章”， 12人评为自治区有突出贡献优秀专家，4人评为自治区教学名师。通过“柔性援疆计划”先后聘任杨胜利、王红阳、程京、詹启敏等10名领军人物来院指导帮扶。评选医院名医（8人）、名师（7人）、学科带头人（11人）、学术带头人（37人）、技术带头人(3人)、各类骨干174人、技术能手43人、第四人才梯队（优秀青年医师132人），形成了医院可持续发展的“人才金字塔”。
依托1.27万平方米的科技楼，医院借鉴国内外先进的科研管理模式，努力营造良性竞争的科研氛围。医院的国家级、省部级科研立项、科研成果、专利、SCI文章均居全疆医疗机构之首。国家级科研项目由2009年的19项增加至2014年的29项，多个学科实现了零的突破；纵、横向科研项目经费由2009年的1025万元增长至2014年的3300万元。2010年首获国家科技进步二等奖1项；2011年首获自治区高等教育教学成果二等奖1项、三等奖1项；2012年获国家863计划1项；2013年首获国家自然基金委-新疆联合基金重点项目2项和优秀人才基金专项1项；2014年首获中国工程院光华工程科技奖、吴阶平-保罗•杨森医学药学奖、自治区科技进步突出贡献奖。
医院竭力为患者提供良好的医疗服务和就医环境，为解决“看病难、看病贵”问题，积极探索和实践“远程医疗”、“协作帮扶”等模式，努力为患者提供高效、价廉、便捷、优质的医疗服务，提出“属地诊疗、正确转诊、疑难危重少出疆”的工作目标，以远程医学中心为平台，远程医学多项工作在全国创佳绩。
医院积极倡导构建“生态医院”，不断改善、优化患者就医环境。医院总占地面积16.80万平方米，绿化覆盖率达44%。在全疆率先提出“创建节约型医院”，率先开展“限制性探视陪护制度”，在全国较早开展了“创建无烟医院”活动，被世界卫生组织烟草或健康合作中心评为减少烟草使用倡议行动“创建无烟医院项目”合作医院、“中国控烟先进单位”。2014年10月，医院通过JCI认证（全国33家医院通过，新疆唯一一家），成为国内首个通过第五版JCI学术医学中心评审的综合医院，也是目前国内通过JCI评审的规模最大的学术医学中心医院。
新疆医科大学第一临床医学院暨第一附属医院正朝着建设成为“中亚一流，具有区域特色和国际影响，集医疗、教学、科研、预防及管理五位一体的研究型医院”的目标迈进。
