生殖疱疹的情况不同，治疗时使用的药物也不同。生殖疱疹一般有原发性、复发性、频繁复发、原发感染症状严重或皮损广泛等情况。常见的治疗药物有阿昔洛韦、伐昔洛韦、泛昔洛韦等。
1.原发性生殖器疱疹
如果患者属于是原发性生殖器疱疹，在治疗的时候可采用的抗病毒药物是阿昔洛韦，选取一定剂量口服，每天服用5次。其次，可使用伐昔洛韦治疗，使用方法是口服，选取一定剂量每天口服2次，也可使用泛昔洛韦口服治疗，每日选取一定剂量口服3次，一般患者需要连服7～10天。
2.复发性生殖器疱疹
复发性生殖器疱疹的患者，在治疗的时候要注意最好在出现疱疹的前驱症状或皮肤损害出现24小时内开始治疗。可选用抗病毒药物包括了阿昔洛韦、伐昔洛韦或泛昔洛韦，使用剂量用法与原发性生殖器疱疹相同，一般患者需要连服5填时间。
3.频繁复发的生殖器疱疹
如果是频繁复发的生殖器疱疹的患者（1年复发6次以上），在治疗的时候可使用阿昔洛韦口服，每天使用2次。可也选用伐昔洛韦，选取一定剂量，每天口服1次，或泛昔洛韦每天选取一定剂量，口服2次。需要注意的就是以上治疗药物均需长期服用，一般患者需要服用4个月到1年。
4.原发感染症状严重或皮损广泛
可使用阿昔洛韦根据体重选取剂量进行静脉点滴治疗，每8小时点1次，连续使用5～7天或者一直使用至临床症状消退。