应用其他细菌性脑膜炎如链球菌性、结核性脑膜炎、金黄色葡萄球菌脑膜炎、肠道革兰阴性杆菌脑膜炎相鉴别。胆汁溶解试验用于肺炎球菌与草绿色链球菌鉴别的，胆汁可使肺炎球菌溶菌现象出现加速。结核性脑膜炎多继发于其他结核病，如肺结核。金黄色葡萄球菌在血平板上呈金黄或白色菌落，肺炎球菌为细小，灰色，有光泽的扁平菌落。肠道革兰阴性杆菌脑膜炎的新生儿无颅内高压及颈强直的典型，以此可作为与肺炎球菌脑膜炎的鉴别依据。
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