(一)发病原因
彼得异常的病因尚不完全了解，但从组织病理学和电镜发现不同的改变，认为不是单一原因，起初认为是由于子宫内感染(Von Hipple角膜内溃疡)，这种学说认为通过羊水或胎盘获得子宫内角膜炎，导致角膜穿孔，使虹膜-晶状体隔前移，造成角膜后缺损，角膜白斑及角膜晶状体及虹膜角膜粘连，这些改变亦可由深层角膜脓肿引起，脓液向前房内引流，无角膜穿孔，国外报告在21名患者中，有5位母亲有先天性角膜中央厚的混浊及中央部前粘连，在怀孕的最初3个月有过病毒性特别是风疹感染，还报道一例彼得异常的单眼患者存在先天性巨细胞病毒感染，对侧眼为正常眼，用电子显微镜检查了一批彼得异常患者的标本，显示角膜后基质的细胞为慢性炎性细胞，用光镜检查被破坏的基质可见不正常的成纤维细胞及组织细胞，在伴有晶状体异常的患者，可能是由于晶状体泡与表层外胚层分化不完全所致。
(二)发病机制
对彼得异常的发病机制仍有争论，Tripethi认为中央部角膜的缺陷是由于在胚胎10～14mm时，视杯边缘第一和第二间叶细胞(mesenchymal cell)停止向内生长;角膜后弹力层异常和内皮细胞的丧失，是由于原发性间叶细胞的缺陷，这一缺陷可能进一步受到晶状体泡分离延迟或分离不全的影响;晶状体混浊和角膜晶状体条索的形成，则可能与外胚叶的缺陷有关，总之，彼得异常的不同表现是与形成角膜内皮，角膜基质和虹膜基质的3期间叶组织不同程度的发育缺陷有关，它可以同时伴有或不伴有晶状体泡的异常。
Kupfer则用神经嵴细胞迁徙过程中的某种障碍或终末诱导的某种缺陷来解释包括彼得异常在内的前眼部中胚叶发育不全和继发性青光眼的各种变化，角膜基质的迁徙或终末诱导失常，可导致一系列的角膜混浊及发育异常，内皮细胞的缺陷可以引起后弹力层的缺损以及角膜正常含水量的失调，这种异常的内皮细胞可能格外有“黏”性，从而导致角膜虹膜粘连，虹膜基质的部分或全部消失可对其下的虹膜色素上皮和无色素上皮产生继发影响，造成一系列的瞳孔异常和色素上皮的缺损，如果虹膜基质的缺陷发展到一定程度，足以影响到邻近组织，如晶状体及其悬韧带时，即可产生晶状体异位和前极性白内障，小梁内皮的迁徙或终末诱导过程中的障碍，可使正常房水外流阻力发生变异而导致眼压升高，这种眼压升高，不一定和虹膜条索黏在角膜及小梁上的数量成比例，Kupfer等报告一名2岁儿童伴有青光眼，其小梁切除标本的超微结构显示小梁网有典型的老化改变，另有一些学者认为房水排出阻碍可能由于虹膜角膜角微细的改变所致，另有人发现彼得异常的组织病理学改变及视网膜色素上皮层及脉络膜后部的完全缺损，发现了完全的周边虹膜前粘连伴有虹膜基质的萎缩，且未见到小梁网和Schlemm管结构，其他一些病例伴有虹膜角膜角的神经嵴细胞的分化不全，呈更典型的Axenfeld异常及Rieger综合征。
