本病需与下面的疾病进行鉴别：
1.强直性脊柱炎：
骶髂关节结核可发生于任何年龄，以单侧发病多见，常发生于骶髂关节前下1/ 3 滑膜部;而强直性脊柱炎常见于青年男性，多为双侧对称发病，表现为关节间隙不规则变窄或伴有骨硬化关节，边缘可有小囊状缺损，病变易侵及骶髂关节上半部，常伴有腰椎小关节间隙模糊、狭窄或消失。
2.致密性髂骨炎：
骨型骶髂关节结核发生在髂骨松质内，呈圆形或椭圆形局限性破坏区，可累及骶髂关节;而致密性髂骨炎多见于成年女性，常对称性侵犯骶髂关节中下2/ 3 髂骨部分，表现为三角形、新月形或梨形致密影，骨小梁融合消失，不累及关节。
3.髂外动脉搏动引起的骨质缺失：
近髂外动脉区的局限性骶髂关节结核有时需与髂外动脉搏动引起的骨质破坏或缺失鉴别，前者引起的骨质破坏区虽比较局限，但骨质破坏较广泛，破坏区边缘不清,无硬化;而髂外动脉长期搏动可引起髂骨下缘较明显而深的凹陷，并可见凹陷的边缘清楚，无硬化征象。
另外本病还需注意与骶髂劳损，椎间盘突出症，腰椎结核和髋关节炎症、类风湿性关节炎、化脓性关节炎和肿瘤鉴别。腰骶椎结核与骶髂关节结核的症状、体征、脓肿和窦道的好发部位都很相似，两者容易混淆。如两者同时发生在同一病人，要判断脓肿和窦道来自哪一个病灶，有时很难。只有通过手术或窦道造影来鉴别。
